Onun, Kocatepe’deki hâlini anlatan yaveri Muzaffer Kılıç: “28 Ağustosta Kocatepe’de bizim topçu ateşimiz başladığı zaman, Mustafa Kemal: ‘Ya Rabbi! Sen Türk ordusunu muzaffer et... Türklüğün, Müslümanlığın düşman ayakları altında, esaret zincirinde kalmasına müsaade etme!’ dedi. O anda gözlerinden birkaç damla yaşın süzüldüğünü gördüm.” der.

7 Şubat 1923’te Balıkesir Paşa Camisi’ndeki meşhur Türkçe hutbesine de şu sözlerle başlıyordu: “Ey Millet! Allah birdir, şanı büyüktür. Allah’ın selameti, âtıfeti (sevgisi) ve hayrı üzerinize olsun. Peygamberimiz Efendimiz Hazretleri, Cenabıhak tarafından insanlara dinî hakikatleri tebliğe memur ve resul olmuştur. Koyduğu esas kanunlar cümlemizce malûmdur ki Kur’an-ı Azimüşşan’daki nusûstur. İnsanlara feyz ve ruh vermiş olan dinimiz son dindir, ekmel (en olgun) dindir. Çünkü dinimiz akla, mantığa ve hakikate tamamen uyar. Eğer akla, mantığa, hakikate uymamış olsaydı, bununla diğer ilahî ve tabii kanunlar arasında tezat olması icap ederdi. Çünkü bütün evren kanunlarını (âlemin maddi ve manevi ilkelerini) yapan Cenabıhak’tır.

3 Mart 1924'te, TBMM’de kabul edilen birbirine bağlı yasalarla, Halifelik kaldırıldı, Osmanlı hanedanı mensuplarının yurtdışına çıkartılması kararlaştırıldı, Şeriye ve Evkaf Vekâletleri kaldırıldı ve Tevhid-i Tedrisat Kanunu çıkartıldı. 1924 yılında kabul edilen Tevhid-i Tedrisat Kanunu, modern ve laik Türkiye’nin doğuşundaki en büyük ve önemli başlangıç adımlarından biridir.

Atatürk,, Hz. Muhammed’i cezbeye tutulmuş sönük bir derviş şeklinde gösteren bir eser hakkında: “... Bu gibi cahil adamlar, onun yüksek şahsiyetini ve başarılarını, asla kavrayamamışlardır. Anlamaktan da çok uzak görünüyorlar...” “O, Allah’ın birinci ve en büyük kuludur. Onun izinde bugün milyonlarca insan yürüyor. Benim, senin adın silinir; fakat sonuca kadar o, ölümsüzdür (1926).” diyordu.

Din ve peygamberi hakkındaki bu samimi inancı sebebiyledir ki o, birtakım safsatalar, hurafeler ve çıkar hesaplarıyla dinin saf ve temiz cevherini karartan, İslam’ın özünde ve temelinde mevcut olan canlı, yaratıcı, yapıcı ve hamleci ruhunu faydasız laf kalabalığına boğan, en önemlisi, dini, bilhassa siyasi veya dünyevi bir menfaat vasıtası olarak kullanmak isteyen zihniyetin mümessilleri ile amansız bir mücadeleye girmiştir. Onun bu davranışı aslında, gerçekçiliğin ve dinimizin tarihî macerasını gayet iyi bilişinin bir tezahürüdür.

Çünkü en az 200 seneden beri, dini, temel prensiplerin ışığı altında tefsir edecek ve yeniden kuracak ciddi çalışmalar yerine, birtakım tekrarlar yapılır olmuş ve Müslümanlığı sadece şekilde gören, dindarlığı sakalda, giyim kuşamda arayan bir zümre doğmuştur. Oysa dinin, ilk devirlerindeki canlı ve aktif hüviyetine kavuşturulması, cemiyet bünyesi içinde çağdaş ihtiyaçlara cevap verecek sağlam bilgi ve anlayışla mücehhez kılınması (donanması), yine dinin ve hitap ettiği kitlelerin zaruret duyduğu bir iştir. Sanıyorum ki Atatürk’ün bu gerçeği derinden yakalamış bir insan olduğu, şu sözlerinden gayet açık bir şekilde anlaşılmaktadır:

“Din lüzumlu bir müessesedir. Dinsiz milletlerin devamına imkân yoktur. Yalnız şurası var ki din, Allah ile kul arasındaki bağlılıktır. Mutaassıp İslamcıların din simsarlığına müsaade edilmemelidir. Dinden maddi menfaat temin edenler, iğrenç kimselerdir. İşte biz, bu vaziyete muhalifiz ve buna müsaade etmiyoruz...(1930)

Görülüyor ki Atatürk’ün en hassas olduğu hususların başında dinin istismar edilerek yüceliğinin zedelenmesi, “hakikat-ı İslamiye’den” uzaklaşıldığı için, şarktan garba kadar İslam memleketlerinin düşmanların ayakları altında çiğnenmiş ve düşmanların esaret zincirine geçmiş olması gelmektedir.

Dr. Ali Güler, Atatürk’ün son anları ile ilgili yaptığı açıklamada şu ifadeleri kullandı: "Atatürk'ün komaya girdiğinde söylediği son söz 'Aleykümselam' sözüdür. 8 Kasım günü Atatürk saat 18.30'da Dr. Neşet Ömer İrdelp muayene için, Mustafa Kemal Atatürk'e 'Paşam dilinizi dışarı çıkarır mısınız?' deyince Atatürk dilini dışarı çıkardı. Ardından, Dr. İrdelp 'Biraz daha uzatır mısınız?' diye sordu. Bunun üzerine Atatürk dilini tamamen içeri çekip sağına döndü. Orada birisiyle konuşur gibi 'Aleykümselam' dedi ve derin bir komaya girdi. Bundan 38 saat 5 dakika sonra da tıbben ölümü gerçekleşti.